La autoridad marítima en cumplimiento de su función policial y como organismo auxiliar del Ministerio Público ha llevado a cabo diversas investigaciones con el fin de desarticular organizaciones criminales dedicadas principalmente al tráfico de drogas por vía marítima o a la perpetración de otros delitos que atentan contra la propiedad, logrando en los últimos 10 años la incautación de más de 4.357 kg de sustancias ilícitas, además bandas dedicadas a otros delitos como el robo con fuerza a bordo de naves de pesca, hurto de recursos hidrobiológicos en áreas de manejo o desde centros de cultivos en la zona sur del país, operaciones policiales que deben ser ejecutadas con total apego a la legislación vigente y que dada su complejidad, requieren una vasta preparación profesional del personal que las ejecuta.